با هدف جهت دهی حمایت‌های مالیاتی به سمت توسعه نوآوری و اقتصاد دانش‌بنیان بر اساس بند (ب) ماده (11) قانون جهش تولید دانش‌بنیان شرکتهای دارای فعالیت‌های تحقیق و توسعه از اعتبار مالیاتی برخوردار می‌شوند. به این نحو که معادل هزینه‌های انجام شده در پروژه‌های تحقیق و توسعه به عنوان اعتبار مالیاتی با قابلیت انتقال به سنوات آتی به شرکتهای دارای پروانه بهره‌برداری یا مجوز فعالیت از مراجع ذی‌ربط اعطا می‌شود و معادل آن از مالیات بر عملکرد مربوط به سال انجام هزینه مذکور یا سالهای بعد کسر می‌شود.
پروژه تحقیق و توسعه مشمول اعتبار مالیاتی مجموعه‌ای از فعالیت‌های فناورانه است که سطح فناوری محصولات، خدمات یا فرآیندهای حاصل از پروژه‌های تحقیق و توسعه باید در حوزه فناوری‌های بالا یا متوسط به بالا منطبق با فهرست کالاها و خدمات دانش بنیان یا معیارهای تفصیلی منتشر شده برای کالاها و خدمات دانش بنیان باشد. همچنین لازم است محصولات، خدمات یا فرآیندهای حاصل از آن در سطح صنایع مربوطه در کشور جدید باشد. هزینه‌کرد در پروژه‌های تایید شده مطابق آیین‌نامه و دستورالعمل اجرایی این برنامه در سرفصل‌های فضای کار اختصاصی تحقیق وتوسعه، ماشین‌آلات و تجهیزات، نیروی انسانی، مواد اولیه و قطعات مصرفی، تاییدیه ها و استانداردها و همکاری فناورانه به عنوان هزینه‌کرد تحقیق و توسعه مورد پذیرش خواهد بود.
برای برخورداری از اعتبار مالیاتی تحقیق و توسعه شرکتهای متقاضی باید پروژه‌های تحقیق و توسعه پیشنهادی خود را در قالب تعیین شده ارسال نمایند. پس از تایید پروژه توسط دبیرخانه، شرکت در پایان سال مالی هزینه‌کرد مربوط به پروژه در سرفصل‌های مورد پذیرش را به همراه اسناد مالی اظهار می‌کند. دبیرخانه با ارزیابی پیشرفت پروژه و اسناد ارائه شده میزان هزینه‌کرد در پروژه‌های مصوب را تعیین کرده و به سازمان امور مالیاتی اعلام می‌نماید.
اعتبار مالیاتی طرح های تحقیق و توسعه با دانشگاه ها و مراکز آموزش عالی و پژوهشی
با هدف توسعه ارتباط دانشگاه با صنعت، صنایع و واحدهای تولیدی دارای واحد تحقیق و توسعه که با یکی از واحدهای دانشگاهها و مراکز آموزش عالی و پژوهشی مرتبط، با اولویت استان محل استقرار آن صنعت یا واحد تولیدی، تفاهمنامه همکاری منعقد نمایند، قراردادهای تحقیق و توسعه مربوط با این تفاهمنامه ها، مشمول مزایای طرح شده در بند «ب» ماده (۱۱) این قانون نیز می گردند.
شیوه نامه برخورداری از اعتبار مالیاتی برای قراردادهای تحقیق و توسعه با دانشگاه/مراکز آموزش عالی (ماده 13 قانون جهش تولید دانش بنیان) از اینجا قابل دسترس است.